Una spiegazione esatta non la so dare. Una cosa che so per certo è che la precisione di un altimetro GPS (altimetro basato sui satelliti, non quello "tradizionale" barometrico da tarare che è presente in molti GPS) sconta un errore perlomeno triplo della precisione in orizzontale. Vale a dire: se l'errore che hai nelle coordinate è di 6 m, l'errore che hai nell'altitudine è di 18.
Una delle ragioni di tale problema molto "banalizzata" è questa: l'ellissoide di riferimento (tipo WGS84) approssima bene l'aspetto orizzontale della terra, ma approssima un po' peggio quello "verticale". Il geoide vero, infatti, non è uniforme come l'ellissoide di riferimento, ma è fatto a "poggi e valli" e quindi l'errore in verticale risulta più ampio. Forse questa immagine spiega meglio il concetto, se si confrontano la linea nera grossa (5, geoide) con la linea verde tratteggiata (2, ellissoide).
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Gli altimetri barometrici presenti nei GPS, che uno si tara in base a quote note e affidabili presenti sulle carte, dovrebbero servire proprio a dare un'ulteriore correzione al problema (mentre sul dato orizzontale, ormai siamo messi bene).
Recentemente ho avuto occasione vedere all'opera per un rilievo un GPS differenziale Trimble GeoXT: confrontato con analogo rilievo fatto con stazione totale, la precisione orizzontale era impressionante (costantemente sotto il metro, spesso intorno ai 30 cm) ma gli errori in verticale rispetto a punti noti erano a volte anche superiori ai 5 m. Ovviamente parlo di rilievi "topografici". In montagna di certi errori... chissene
però è anche vero che uno non si può portare dietro uno scatolotto come quello.
Poi, lo ripeto, la mia è una banalizzazione estrema del concetto, perché ci sono sicuramente altri aspetti: attendo anche io spiegazioni più tecniche da parte di chi è più competente.
Personalmente, sarò antiquato, ma nell'outdoor continuo a usare carta e bussola
Saluti
Francesco