Non ho alcuna competenza in materia, comunque il fenomeno mi fa pensare ad una proliferazione di flora acquatica (si può usare il termine "alghe"?) eventualmente in relazione con attività di spargimento di fertilizzanti in aree agricole circostanti ed eventualmente periodi più caldi e carenza di precipitazioni.
Credo che un indizio venga appunto dal contesto (suburbano, agricolo, industriale) in cui il fosso scorre, mi sembra improbabile una spiegazione geologica se non altro per il cambiamento di colore.